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大多数肾囊肿患者没有症状，但是部分病例可以出现腰痛，囊内出血和血尿等症状，甚至会出现肾破裂，肾细胞癌变等严重并发症。患有获得性肾囊肿的终末期肾病患者肾细胞癌的发生率比正常人群高40~60倍。最新研究表明，获得性肾囊肿形成与透析时间有相关性，移植对获得性肾囊肿有所缓解。

获得性肾囊肿本身并没有临床症状，其临床表现主要是由于并发症引起，常见的并发症包括：肾细胞癌变、囊内出血、囊内感染、囊肿破裂、β2-微球蛋白源性的泌尿系统结石及由结石引起的泌尿系统梗阻。约50%的获得性肾囊肿患者有出血，出血局限在囊内，偶尔也会破溃到肾脏的集合系统和肾周及后腹膜组织，进而引起血尿、腰痛甚至后腹膜出血表现。有报道肾周出血在获得性肾囊肿患者中发病率约为13%,并且以年轻男性多见，出血患者中30%同时合并有肾细胞癌。此外有疼痛、急腹痛、肾实质多发球性病变、高血压、感染（少见）等并发症。

获得性肾囊肿患者常合并肾肿瘤，有些肿瘤很小或仅能靠组织学证实，有些实际上是腺癌，应该仔细鉴别腺瘤与腺癌。慢性肾衰竭患者发生获得性肾囊肿早期无明显临床症状，之后部分病例可以出现临床并发症，以囊内出血或进入集合系统出现血尿为常见。通常这种出血可呈自限性，对于反复无诱因的尿血应提高警惕。获得性肾囊肿患者有时表现腰痛，应进行仔细检查，除外囊内出血和癌变。有获得性肾囊肿病史的患者突然发生明显的一侧腰痛，或伴有明显贫血，应考虑囊内出血。必要时加强CT检查观察，如肿瘤体积大于3cm,结合肿瘤形态不规则、密度增强以及动态变化更能说明有癌变，如果同时存在泌尿系恶性肿瘤的全身表现，应该肾切除，如果伴有明显的囊内出血，应该急诊手术。肾移植可避免或缓解某些并发症如获得性肾囊肿的发生，但肾移植并不能消除潜在恶变可能性，特别是在移植前已有获得性肾囊肿者，应定期随访，避免肾癌的发生。

获得性肾囊肿合并肿瘤的处理要慎重对待，如肿瘤生长较快，有恶性证据，应该手术切除。否则应密切随访，每3~4个月检查B型超声波或CT1次，以确定肿瘤发展状态和决定处理方法。